Canadian Journal of Plant Pathology (2002) 24, 194-199

Hugo Germain, Gaston Laflamme, Louis Bernier, Bruno Boulet and Richard C. Hamelin (2002)
DNA polymorphism and molecular diagnosis in Inonotus spp.
Canadian Journal of Plant Pathology 24 (2), 194-199
Abstract: Specific polymerase chain reaction (PCR) primers were developed for the internal transcribed spacer (ITS) region of the rDNA gene of Inonotus tomentosus, the causal agent of tomentosus root rot of conifers. The primers were designed to specifically amplify DNA from I. tomentosus and allow its differentiation from Inonotus leporinus and from Phellinus pini s.l., which are morphologically very similar to I. tomentosus in culture. The PCR amplification was carried out successfully from DNA extracted from fruiting bodies and cultures and can potentially be used to detect the pathogen from environmental samples for survey and management purposes. The PCR assay was validated with 42 samples from seven coniferous hosts originating from eight provinces or states across the North American continent. No cross reaction was observed with DNA of several other species of the same genus, with Phellinus pini or with white spruce (Picea glauca), a conifer host of I. tomentosus. Phylogenetic analysis of the ITS region for six species of Inonotus suggests that these resulted from the adaptation of a generalist ancestor to different ecological niches. It also appears that divergent evolution of an ancestor occupying different ecological niches has driven the speciation process, which subsequently conferred specificity to either coniferous or deciduous trees.

Des amorces spécifiques de la réaction en chaîne de la polymérase ont été développées pour la région de l'espaceur transcrit interne de l'ADN ribosomique de l' Inonotus tomentosus, l'agent causal de la carie rouge alvéolaire du pied chez les conifères, pour le distinguer de l' Inonotus leporinus, qui est morphologiquement identique en culture, et du Phellinus pini s.l., qui est très similaire à l' I. tomentosus. L'amplification par réaction en chaîne de la polymérase a été réalisée à partir d'ADN extrait de cultures ou de carpophores. Aucune réaction croisée n'a été observée contre d'autres espèces du même genre, contre le Phellinus pini ou contre l'épinette blanche (Picea glauca), l'hôte de l' I. tomentosus. L'analyse phylogénétique de la région des espaceurs transcrits internes effectuée pour six espèces de l' Inonotus suggère que ceux-ci proviennent de l'adaptation d'un ancêtre commun à des niches écologiques différentes. Cette adaptation à une niche écologique semble avoir mené à un processus de spéciation et par la suite à une spécialisation pour les conifères ou pour les feuillus.
(The abstract is excluded from the Creative Commons licence and has been copied with permission by the publisher.)
Link to article at publishers website
Database assignments for author(s): Richard C. Hamelin, Louis Bernier, Gaston Laflamme

Research topic(s) for pests/diseases/weeds:
identification/taxonomy
general biology - morphology - evolution

---

Pest and/or beneficial records:

Beneficial	Pest/Disease/Weed	Crop/Product	Country	Quarant.
	Onnia tomentosa