Canadian Journal of Plant Pathology (2002) 24, 125-130

M.E. Lee, C.R. Grau, L.A. Lukaesko and I.-M. Lee (2002)
Identification of aster yellows phytoplasmas in soybean in Wisconsin based on RFLP analysis of PCR-amplified products (16S rDNAs)
Canadian Journal of Plant Pathology 24 (2), 125-130
Abstract: Phytoplasmas have been detected for the first time by molecular methods in soybeans in Wisconsin. Nested polymerase chain reaction (PCR) using a combination of two phytoplasma-specific "universal" primer pairs (P1/P7-R16F2n/R16R2 and R16mF2/R16mR1-R16F2n/R16R2) amplified 16S rDNA (with expected fragment size of 1.2 kilobases) in soybean leaf tissue in 48 of 121 plants tested. Restriction fragment length polymorphism analysis of nested PCR products indicated that only 2 of these samples contained phytoplasmas. Gram-positive bacterial 16S rDNA genes were detected in 46 PCR positive samples. This was confirmed by culturing bacteria and direct PCR of soybean seed. In the two soybean samples, phytoplasmas belonging to the aster yellows phytoplasma group (16SrI), subgroup 16SrI-A, and a newly established subgroup, 16SrI-O, were identified. Phylogenetic analysis using partial 16S rDNA sequences (1.2 kilobases) from representative phytoplasma strains clustered soybean phytoplasmas into two distinct phylogenetic lineages that are consistent with the two subgroups defined by restriction fragment length polymorphism analysis. No correlation between the presence of phytoplasmas and the occurrence of "green-stem syndrome" in soybeans in Wisconsin was detected.

Des phytoplasmes ont été détectés pour la première fois par méthodes moléculaires dans le soja au Wisconsin. La réaction en chaîne de la polymérase (RCP) nichée utilisant une combinaison de deux paires d'amorces « universelles » spécifiques aux phytoplasmes (P1/P7-R16F2n/R16R2 et R16mF2/R16mR1-R16F2n/R16R2) a amplifié de l'ADNr 16S (avec fragment prévu de 1,2 kilobases) provenant de tissu foliaire de soja de 48 des 121 plantes testées. L'analyse du polymorphisme de la longueur des fragments de restriction des produits de la RCP nichée a montré que seulement 2 de ces échantillons contenaient des phytoplasmes. Des gènes d'ADNr 16S de bactéries gram-positives ont été détectés dans 46 échantillons de RCP positifs. Une confirmation a été obtenue par culture de bactéries et RCP directe avec des graines de soja. Dans les deux échantillons de soja, des phytoplasmes appartenant au groupe du phytoplasme de la jaunisse de l'aster (16SrI), sous-groupe 16SrI-A, et un nouveau sous-groupe, 16SrI-O, ont été identifiés. L'analyse phylogénétique avec des portions de séquences d'ADNr 16S (1,2 kilobases) de souches représentatives de phytoplasmes a permis de classer les phytoplasmes de soja en deux lignées phylogénétiques distinctes compatibles avec les deux sous-groupes trouvés par l'analyse du polymorphisme de la longueur du fragment de restriction. La présence des phytoplasmes n'était pas corrélée à celle du « syndrome de la tige verte » du soja au Wisconsin.
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Research topic(s) for pests/diseases/weeds:
identification/taxonomy
surveys/sampling/distribution

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Pest and/or beneficial records:

Beneficial	Pest/Disease/Weed	Crop/Product	Country	Quarant.
	16SrI phytoplasma group	Soybean (Glycine max)	U.S.A. (mid N)